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姓名	彭帝然(Di-Ran Peng)  查詢紙本館藏	畢業系所	資訊工程學系
論文名稱	蛋白質體視覺化系統之實作
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摘要(中)	隨著人類基因體計畫的完成，生物研究進入後基因體時代，研究焦點在功能性的基因體學與蛋白體學。由於高產力技術的發展，生物實驗室產生大量的蛋白質交互作用與生物晶片實驗資料，亟待進一步的分析，發現新的生物知識。但是蛋白質交互作用網路與生物晶片資料龐大複雜，必須透過資料的過濾、群聚與視覺化讓使用者能掌握資料的訊息得以進一步的分析。在此論文我們實作一個蛋白質體的視覺化系統來幫助生物研究者在這些資料的分析。此系統整合諸如蛋白質交互作用、基因交互作用、蛋白質作用位置與其生物晶片等資料，並提供過濾分析資料時所需的群聚演算法介面。
關鍵字(中)	★ 生物晶片 ★ 基因交互作用 ★ 蛋白質交互作用 ★ 群聚演算法 ★ 視覺化	關鍵字(英)
論文目次	目 錄 摘要……………………………………………………………………………………I 致謝……………………………………………………………………………………II 目錄……………………………………………………………………………………III 圖表……………………………………………………………………………………IV 表格……………………………………………………………………………………V 第一章、研究動機與目的……………………………………………………………1 第二章、生物背景知識………………………………………………………………3 第三章、相關研究與討論……………………………………………………………7 第四章、DBSA系統………………………………………………………………… 9 4.1系統架構…………………………………………………………………… 10 4.2計算模組…………………………………………………………………… 10 4.3群聚演算法界面…………………………………………………………… 15 4.4視覺化顯示模組…………………………………………………………… 17 4.5系統的操作使用步驟……………………………………………………… 20 4.6系統的應用………………………………………………………………… 23 4.7系統的特色………………………………………………………………… 24 第五章、結論和未來工作……………………………………………………………26 參考文獻………………………………………………………………………………28
參考文獻	參 考 文 獻 [1] T. A. Brown, Austen Brown，GENOMES，Wiley-Liss（1999） [2] Daniel C. Liebler，Introduction to Proteomics-Tools for the New Biology，Humana Press Inc. (2002) [3] Reiner Westermeier, Tom Naven，Proteomics in Practice- A Laboratory Manual of Proteome Analysis，WILEY-VCH (2002) [4] 李建武等合編，生物化學實驗原理和方法，藝軒圖書出版社(1999) [5] Choi K.Y., Satterberg B., Lyons D.M., Elion E.A. 1994. Ste5 tethers multiple protein kinases in theMAP kinase cascade required for mating in S. cerevisiae. Cell 78, 499-512. [6] Phizicky E.M., Fields S. 1995. Protein-protein interactions: methods for detection and analysis. , Microbiol.Rev. 59, 94-123. [7] von Mering, C., Krause, R., Snel, B., Cornell, M., Oliver, S.G., Fields, S. and Bork, P. (2002) Comparative assessment of large-scale data sets of protein-protein interactions Nature 417:399-403. [8] Wim Van Criekinge and Rudi Beyaert， Yeast Two-Hybrid: State of the Art，Biol. Proced. Online 1999; 2: 1-38 [9] G.W. Flake, K. Tsioutsiouliklis, R.E. Tarjan, Graph Clustering Techniques based on Minimum Cut Trees, Technical Report 2002-06, NEC, Princeton, NJ, 2002. [10] Ralf Mrowka, A Java applet for visualizing protein–protein interaction, Bioinformatics 2001 17: 669-671. [11] Byong-Hyon Ju, Byungkyu Park, Jong H. Park, and Kyungsook Han, Visualization and analysis of protein interactions, Bioinformatics 2003 19: 317-318 [12] Trey Ideker, Owen Ozier, Benno Schwikowski, and Andrew F. Siegel, Discovering regulatory and signalling circuits in molecular interaction networks, Bioinformatics 2002 18: S233-S240 [13] Yates J.R. 3rd. 2000. Mass spectrometry. From genomics to proteomics. Trends Genet. 16 (1):5-8. [14] Gomez SM, Rzhetsky A., Towards the prediction of complete protein--protein interaction networks., Pac Symp Biocomput 2002;:413-24 [15] P. Uetz, T. Ideker, B. Schwikowski, 2002., Computational analysis, visualization and integration of protein and protein interactions., In: Golemis,E. (ed.) The Study of protein and protein interactions- An Advanced Manual. Cold Spring Harbor Laboratory Press, in press. [16] Jones, S. and Thornton, J.M. (1995). Protein-Protein Interactions: A Review of Protein Dimer Structures In Progress in Biophysics and Molecular Biology: Vol 63 p31-165. [17] Jones, S. and Thornton, J.M. (1996). Principles of Protein-Protein Interactions Derived From Structural Studies Proceedings of The National Academy of Science (U.S.A). Vol. 93 p.13-20. [18] Jaffe, J., Robinson, M., Bubeck, D., Hillson, N., Chen, W., & Pologruto, T.A., Theoretical Protein-Protein Interaction Prediction, http://www.people.fas.harvard.edu/~tpologr/Talks/biophysics101.htm [19] Campbell, P.N. and Smith, A.D. (2000) Biochemistry illustrated, 4th edition, Churchill Livingston [20] Causton, Helen C, Microarray/gene expressions data analysis : a beginner's guide / Helen C. Causton, John Quackenbush, and Alvis Brazma, Malden, MA : Blackwell Pub., 2003 [21] Ideker T. et al., Integrated genomic and proteomic analyses of a systematically perturbed metabolic network., Science 292, 929-934 (2001).
指導教授	何錦文(Chin-Wen Ho)	審核日期	2003-7-19
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