蛋白質體學的分析平台與蛋白質提升熱穩定性之研究(I); A Software Platform for Proteomics and Thermophilic Analysis for Proteins(I)

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題名:	蛋白質體學的分析平台與蛋白質提升熱穩定性之研究(I);A Software Platform for Proteomics and Thermophilic Analysis for Proteins(I)
作者:	洪炯宗
貢獻者:	資訊工程系
關鍵詞:	蛋白質體學;熱穩定;資料探勘;資訊科學--軟體
日期:	2005-07-01
上傳時間:	2010-11-30 17:01:47 (UTC+8)
出版者:	行政院國家科學委員會
摘要:	本研究提出一個研究蛋白質體學(Proteomics)的分析平台，此平台能幫助使用者辨認蛋白質(Protein Identification)，並透過計算預測蛋白質突變(Mutant) 點以提高蛋白質熱穩定性(thermostability)。蛋白質體學研究的主要步驟為複雜的蛋白質混和物的分離及呈現，大多時候均以二維膠片電泳分析（2D gel electrophoresis），再以質譜儀（如MALTI-TOF 或LC-MS mass spectrometry）來分析驗證蛋白質。蛋白質辨認後可進一步對蛋白質做變化，以瞭解這個蛋白質的性質與特性(例如熱穩定性)。本計劃第一年以建立高速計算之胺基酸序列資料庫以提供蛋白質辨認為主要項目。此胺基酸序列資料庫可以提供多種長度的胺基酸序列儲存與查詢，並針對胺基酸序列資料庫中不同長度以及物種做分析及統計。根據這些資料到蛋白質資料庫做搜尋以辨認一新的蛋白質。本計劃第二年將建立PGTdb (Prokaryotic Growth Temperature Database) ，一個包含原核生物的生長溫度與最適生長溫度的資料庫。PGTdb 將用人工及文件搜尋從文獻中將生長溫度與最適生長溫度存入資料庫，並整合了物種相關的去氧核甘酸序列以及蛋白質序列與結構。蛋白質的熱穩定性與宿主的最適生長溫度息息相關，蛋白質的Tm 與宿主的最適生長溫度呈現線性相關的關係。所以此資料庫不只對微生物學家培養微生物有關，更對蛋白質學家研究蛋白質結構與熱穩定性有許多貢獻。 PGTdb 將是Ineternet 上第一個儲存最適生長溫度並整合核甘酸序列、蛋白質序列、蛋白質結構與演化資訊的整合性資料庫。部分研究成果可參考 http://pgtdb.csie.ncu.edu.tw。本計劃第三年將針對蛋白質的熱穩定特性做進一步的分析，嘗試預測並透過計算預測蛋白質突變(mutant)點以提高蛋白質的熱穩定性(thermostability) ，以期增加以此蛋白質做為酵素或其他生物應用時能更廣泛的使用，從文獻上發現離子鍵的強度與類型有重要影響, 本計畫將使用 Naive Bayesian Classifier/Decision tree 等資料探勘的方法，此預測方法將以第二年的PGTdb 資料庫的蛋白質資料做為訓練資料(Training Data)，預期可以對蛋白質熱穩定性做高準確率的預測。研究期間：9308 ~ 9407
關聯:	財團法人國家實驗研究院科技政策研究與資訊中心
顯示於類別:	[資訊工程學系] 研究計畫

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