利用分子動力學模擬來探討攜鈣蛋白構形上的變化; Studies of calmodulin's conformational change via molecular dynamics simulation

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Title:	利用分子動力學模擬來探討攜鈣蛋白構形上的變化;Studies of calmodulin's conformational change via molecular dynamics simulation
Authors:	洪偉哲;Wei-Zhe Hong
Contributors:	生命科學研究所
Keywords:	分子動力學;攜鈣蛋白;calmodulin;molecular dynamics
Date:	2005-06-30
Issue Date:	2009-09-22 10:19:09 (UTC+8)
Publisher:	國立中央大學圖書館
Abstract:	本論文是利用分子動力學模擬（Molecular Dynamics simulation, MD simulation）的方式來探討蛋白質分子構形的變化以及蛋白質分子上之帶電離子以及水溶液對蛋白質本身構形變化的影響，而所用的軟體是AMBER，這是一作分子動力學模擬之套裝軟體，通常是拿來作生物分子的運算。我選擇拿來做模擬的蛋白質是攜鈣蛋白（Calmodulin, CaM），它在生物體內的活化態 (active form) 是攜帶四個鈣離子，而我所感興趣的有兩方面：(1)未結合鈣離子的攜鈣蛋白 (Apo-Calmodulin, apo-CaM) 構形上的變化及穩定度；(2)已結合鈣離子的攜鈣蛋白 (Holo-Calmodulin, holo-CaM) 構形上的變化及鈣離子對於整體構形變化的穩定所造成的影響。至於這裡為何選擇使用電腦模擬的方式，原因是：（1）環境較好設定；（2）樣本較易取得；（3）可確實觀察到蛋白質變化的過程。因為用一般的實驗方法來研究蛋白質結構較難掌控以上的因素。
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