利用微陣列資料分析於基因調控網路之建構與預測

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張志方(Jr-Fang Chang) 查詢紙本館藏

畢業系所

資訊管理學系

論文名稱

利用微陣列資料分析於基因調控網路之建構與預測

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摘要(中)

研究基因的調控機制一直以來就是生物領域專家的一項重要工作。由於微陣列可提供大量的基因表現，使得電腦領域知識可以運用在探索基因的調控機制上。在生物表現的現象上，若某些基因具有相似的表現型態，則在該細胞的調控關係中相似的基因群有很大的機率會受到同樣的基因所調控。本研究的目的在於設計及實作一自動化整合性的基因調控預測系統，簡稱為 GeneMedMiner，以針對一群基因的時間序列微陣列資料建構及預測該群基因可能的調控關係。此系統運用微陣列的資料分析和生物文獻的解析找尋基因間的關聯性，不僅可減少生物學家的實驗成本，更可提高醫學文獻的研究效率。系統提供一簡單的操作介面供使用者分析使用並以圖形化的方式回覆預測結果。在實証部份以 20 個酵母菌基因表現得知所預測的關聯中超過五成的機率有實際文獻的支持，因此、藉由 PubMed 建構已知的基因關聯，再利用微陣列基因表現來預測無實際文獻支持的調控關係，可以提供研究人員實驗的方向與建議，如此將有助於基因調控機制的研究。

關鍵字(中)

★ 關聯規則
★ 微陣列
★ 基因調控

關鍵字(英)

論文目次

第一章緒論 1
1.1 研究背景 1
1.2 研究動機 2
1.3 研究目的與貢獻 3
1.4 論文架構 4
第二章相關研究 5
2.1 基因表現資料分析簡介 5
2.2 基因調控模型研究 6
2.3 醫學文獻基因關聯解析 9
2.4 基因調控相關研究之比較 11
第三章基因表現之關聯方法 13
3.1 研究方法 13
3.2 基因表現分析模式之建構 15
3.3 基因表現型態的定義與說明 17
3.4 建構基因表現型態之關聯組合 19
3.5 生物醫學文獻的探勘模式 25
第四章實驗設計與分析 32
4.1 實驗資料簡介 32
4.2 實驗設計 33
4.3 實驗分析與結果 37
4.4 結果討論 51
第五章系統設計與實作 55
5.1 系統設計 55
5.2 系統流程 56
5.3 系統畫面 58
第六章結論與未來研究方向 61
6.1 研究結論 61
6.2 未來展望 61

參考文獻

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指導教授

薛義誠(Y. C. Shiue)

審核日期

2004-6-24

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