以個人電腦叢集平行運算模擬蛋白質結構

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姓名

邱智瑞(Zhi-Ray Chiou) 查詢紙本館藏

畢業系所

物理學系

論文名稱

以個人電腦叢集平行運算模擬蛋白質結構

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摘要(中)

本論文提出建構一個人電腦叢集架構，以平行運算之方式，使用 AMBER 這一套裝軟體對胺基酸序列作分子動力模擬，以及模擬酵素分子作用的部分過程。
本文第一章論述模擬目的。第二章說明蛋白質之結構。第三章簡介分子動力模擬及模擬軟體 AMBER。第四章介紹個人電腦叢集軟、硬體之架設。第五章介紹所模擬之胺基酸、列出詳細模擬作法，最後說明模擬之結果。第六章則是提出結論。

關鍵字(中)

★ 個人電腦叢集
★ 平行運算

關鍵字(英)

論文目次

第一章序論 1
第二章蛋白質構造簡介 2
2.1蛋白質四級結構 2
2.2蛋白質分子間的作用力 3
第三章分子動力模擬及AMBER簡介 5
3.1 分子動力模擬 5
3.2 AMBER 8
第四章個人電腦叢集 10
4.1 PC-Cluster主從架構 10
4.2 PC-Cluster硬體建置 11
4.3 PC-Cluster軟體設定 12
第五章結果分析 15
5.1模擬之氨基酸簡介 16
5.2分子動力模擬主要步驟 21
5.3詳細作法 22
5.4折疊模擬結果 25
第六章結論 46
參考文獻 47
附錄 49

參考文獻

[1] Shi Du Yan, Jin Fu, Claudio Soto, Xi Chen, Huaijie Zhu, Futwan Al-Mohanna, Kate Collison, Aiping Zhu, Eric Stern, Takaomi Saido, Masaya Tohyama, Satoshi Ogawa, Alex Roher, David Stern,“An intracellular protein that binds amyloid-β peptide and mediates neurotoxicity in Alzheimer's disease” Nature 389, 689-695 (1997).
[2] 蔡佳璋、張西亞、黃國展、李先知、周朝宜、鄭守成、陳敏、陳澄宇，“科學計算之新寵:個人電腦叢集”,高速計算世界,卷 7, 期 4, 頁 17-25,2000
[3] Donald J. Becker, Thomas Sterling, Daniel Savarese, John E. Dorband, Udaya A. Ranawak, Charles V. Packer, “BEOWULF: A PARALLEL WORKSTATION FOR SCIENTIFIC COMPUTATION,” Proceedings, International Conference on Parallel Processing, 1995
[4] Neil A.Campbell, Jane B.Reece, Lawrence G.Mitchell, BIOLOGY 5th ed., Menlo Park,California, Benjamin Cummings, 1999.
[5] David van der Spoel, Aldert R. van Buuren, Emile Apol, Pieter J. Meulenhoff, D. Peter Tieleman, Alfons L.T.M. Sijbers, Berk Hess, K. Anton Feenstra, Erik Lindahl, Rudi van Drunen, Herman J.C. Berendsen, “Gromacs User Manual 3.1.1”,2002
[6] Van Gunsteren, W. F., Berendsen, H. J. C. “A leap-frog algorithm for stochastic dynamics.” Mol. Sim. 1:173–185, 1988.
[7] David A.Case, David A.Pearlman, James W Caldwell, Thomas E.Cheatham III, Junmei Wang, Wilson S. Ross, Carlos Simmerling, Tom Darden, Kenneth M.Merz, Robert V. Stanton, Ailan Cheng, James J. Vincent, Mike Crowley, Vickie Tsui, Holger Gohlke, Randall Radmer, Yong Duan, Jed Pitera, Irina Massova, “AMBER 7 User’s Manual”,2002
[8] Colin L. Masters, Konrad Beyreuther, “Spongiform encephalopathies: Tracking turncoat prion proteins”, Nature 388, 228 - 229 (1997)
[9] Christopher M. Dobson “Protein-misfolding diseases: Getting out of shape” Nature 418, 729 - 730 (2002)
[10] Jonathan W. Neidigh, R. Matthew Fesinmeyer & Niels H. Andersen, “Designing a 20-residue protein” Nature Structural Biology 9, 425 - 430 (01 Jun 2002) Letters
[11] Patrick J. Casey, Miguel C. Seabra.”Protein Prenyltransferases ” J. Biol. Chem. 271, 5289-5292 (1996)
[12] Stephen B. Long, Patrick J. Casey, Lorena S. Beese, “Reaction path of protein farnesyltransferase at atomic resolution”, Nature 419, 645 - 650 (2002)
[13] http://www.rcsb.org/pdb/
[14] http://www-unix.mcs.anl.gov/mpi/mpich/

指導教授

李弘謙(Hoong-Chien Lee)

審核日期

2003-7-16

推文