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姓名	邱介宏(Jieh-Hong Chiou)  查詢紙本館藏	畢業系所	物理學系
論文名稱	各類演算法對DNA序列的辨讀與ORF之搜尋 (Identification for DNA sequences based on all sorts algorithms and search of ORF)
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摘要(中)	在生物資訊裡，基因的分析與尋找佔了很重要的地位，我們嚐試以不同的分析法來對DNA序列做辨讀的工作，並利用簡單的演算法在DNA序列上做基因位置的比對。 在DNA序列辨讀裡，我們以Chun-Ting Zhang所提出的Z曲線分析法為出發點，並加以改正、創新，希望能提高辨讀的精準度，在本文中，我們以人類基因為樣本，分別以五種分析法辨讀之，選其一二種精準度佳的方法再對不同的樣本加以實驗；而在基因位置比對方面，我們利用一兩種分析法及一些生物的機制來與真實基因位置相互比較，藉以尋找彼此之間的關聯性，在未來的目標裡，也希望在基因尋找方面有更一步的發展。
關鍵字(中)	★ DNA序列 ★ Z曲線 ★ ORF之搜尋	關鍵字(英)	★ DNA ★ Z-curve ★ ORF ★ identification
論文目次	目　錄 目錄I 圖目錄II 表目錄IV 第一章 概論1 　第一節 　前言1 　第二節 　DNA的簡介1 第二章 實驗方法（一）6 　第一節 　Z曲線6 　第二節 　Z曲線演算法7 　第三節 　Delta-Ｚ演算法11 　第四節 　其它的演算法12 第三章 實驗方法（二）16 　第一節 R值對基因位置的辨讀16 　第二節 　平均值與標準差值法對基因位置的辨讀21 　第三節 　生物機制的利用與ORF的判讀21 第四章 實驗結果與分析24 　第一節 　各類演算法的結果分析24 　第二節 　基因位置的辨讀48 　第三節 　ORF之比對59 　第四節 　心得與結論60 參考文獻61
參考文獻	[1]Peter Paolella, “Introduction to Molecular Biology”, 1st edition. [2]Watson, J. D. & Crick, F. H. C. Molecular structure of Nucleic Acids. Nature. 171, 737-738 (1953). [3]T. E. Creighton, “Protein structure, a practical approach”. [4]Ming Yan, Zhe-Suai Lin and Chun-Ting Zhang, A new Fourier transform approach for protein coding measure based on the format of the Z curve. Bioinformatics, Vol. 14, No. 8, 1998, Pages 685-690. [5]Chun-Ting Zhang and Ju Wang, Recognition of protein coding genes in the yeast genome at better than 95% accuracy based on the Z curve. Nucleic Acids Research, 2000, Vol. 28, No. 14, 2804-2814. [6]Ju Wang and Chun-Ting Zhang, Identification of protein-coding genes in the genome of Vibrio cholerae with more than 98% accuracy using occurrence frequencies of single nucleotides. Eur. J. Biochem. 268, 4261-4268 (2001). [7]Reginald H. Garrett and Charles M. Grisham, “Biochemistry”, 2nd edition. [8]Wen-Hsiung Li, “Molecular Evolution”. [9]Robert F. Weaver, “Molecular Biology”. [10]David P. Clark and Lonnie D. Russell, “Molecular Biology, made simple and fun” [11]http://www.webref.org/biology/s/structural_gene.htm [12]G. Michael Blackburn and Michael J. Gait, “Nucleic Acids in Chemistry and Biology”, 2nd edition. [13]Peter H. Raven and George B. Johnson, “Biology”, 5th edition. [14]http://www.ncbi.nlm.nih.gov/
指導教授	李弘謙(Hoong-Chien Lee)	審核日期	2003-7-16
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