以分子動力學研究阿茲海默Aβ（12-28）胜肽片段的轉變機制

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姓名

鍾武帆(WuFan Chung) 查詢紙本館藏

畢業系所

生命科學系

論文名稱

以分子動力學研究阿茲海默Aβ（12-28）胜肽片段的轉變機制
(Studies of transition mechanism of Alzheimer Aβ peptide(12-28) by molecular dynamics)

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摘要(中)

近年來生物科技的進步，使得生物資料庫的資料量呈現指數性的爆炸成長；同時，高頻寬的全球資訊網際網路及電腦的高速計算能力、硬碟容量也都有巨大的進步。使得生物資訊學、計算生物學在這個時候適時的誕生了。
利用電腦對生物分子進行分子動力學模擬是現在生物醫療界一個重要的發展；蛋白質結構和功能的分析與預測、分子模型的建立與新藥的設計，這些都是計算生物學研究的重點。
許多的蛋白質三度空間結構模擬程式，也能協助進行蛋白質結構分析與電腦輔助藥物設計；因此本論文以兩種分子模擬軟體：AMBER與GROMACS，對阿茲海默澱粉狀蛋白β胜肽片段做計算，並比較這兩套軟體模擬結果的差異。

關鍵字(中)

★ 阿茲海默

關鍵字(英)

★ Alzheimer

論文目次

目錄
1 序論 1
1.1 前言 1
1.2 研究動機 2
2 背景介紹 4
2.1 蛋白質組成 4
2.2 蛋白質結構分類 6
2.3 蛋白質分子間作用力 11
2.4 阿茲海默氏症（Alzheimer’s disease）介紹 13
3 理論和方法 16
3.1 分子動力學模擬的理論 16
3.2 模擬軟體 17
3.3 分子動力學模擬的主要步驟 21
4 實驗結果與分析 22
5 結論 46
6 參考文獻 47

參考文獻

參考文獻
[1] Daidone I, Simona F, Roccatano D, Broglia RA, Tiana G, Colombo G, Di Nola A. (2004). Beta-hairpin conformation of fibrillogenic peptides: structure and alpha-beta transition mechanism revealed by molecular dynamics simulations. Proteins. 57:198-204.
[2] Simona F, Tiana G, Broglia RA, Colombo G. (2004) Modeling the alpha-helix to beta-hairpin transition mechanism and the formation of oligomeric aggregates of the fibrillogenic peptide Abeta(12-28): insights from all-atom molecular dynamics simulations. J Mol Graph Model. 23:263-73.
[3] Wang H, Varady J, Ng L, Sung SS. (1999). Molecular dynamics simulations of beta-hairpin folding. Proteins. 37:325-33.
[4] http://www.rcsb.org/pdb/
[5] http://www.ncbi.nlm.nih.gov/
[6] http://www.google.com.tw/
[7] Kozin SA, Bertho G, Mazur AK, Rabesona H, Girault JP, Haertle T, Takahashi M, Debey P, Hoa GH. (2001). Sheep prion protein synthetic peptide spanning helix 1 and beta-strand 2 (residues 142-166) shows beta-hairpin structure in solution. J Biol Chem. 276:46364-70.
[8] STANLEY B. PRUSINER (1998). Prions. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 95: 13363-13383
[9] Deleault NR, Lucassen RW, Supattapone S. (2003). RNA molecules stimulate prion protein conversion. Nature. 425:717-20.
[10] 王自豪, 林誠謙, 李弘謙. (2002). 談蛋白質折疊與氨基酸序列. 物理雙月刊(廿四卷二期): 320-327.
[11] Xu Y, Shen J, Luo X, Zhu W, Chen K, Ma J, Jiang H. (2005). Conformational transition of amyloid beta-peptide. Proc Natl Acad Sci. 102:5403-7.
[12] Zagrovic B, Sorin EJ, Pande V. (2001). Beta-hairpin folding simulations in atomistic detail using an implicit solvent model. J Mol Biol. 12:151-69.
[13] http://amber.scripps.edu/
[14] http://www.gromacs.org/
[15] Juri Jarvet, Peter Damberg, Astrid Graslund (2000). Reversible random coil to β-sheet transition and the early stage of aggregation of the Aβ(12-28) fragment from the Alzheimer peptide. J Am Chem Soc. 122: 4261-4268
[16] Serge Pe´rez a,, Anne Imberty a, Soren B. Engelsen. (1998). A comparison and chemometric analysis of several molecular mechanics force fields and parameter sets applied to carbohydrates. Carbohydrate Research 314: 141–155
[17] Duan Y, Wu C, Chowdhury S, Lee MC, Xiong G. (2003). A point-charge force field for molecular mechanics simulations of proteins based on condensed-phase quantum mechanical calculations. J Comput Chem. 24: 1999-2012.
[18] Jayawickrama D, Zink S, Velde DV, Effiong R, LariveC. (1995).
Conformational analysis of the _β-amyloid peptide fragment,
β(12–28). J Biomol Struct Dyn. 13: 229–244.

指導教授

李弘謙(Hoong-Chien Lee)

審核日期

2005-7-21

推文