細菌基因體隨機性的統計分析

以作者查詢圖書館館藏

、以作者查詢臺灣博碩士

、以作者查詢全國書目

、勘誤回報

、線上人數：38

、訪客IP：3.145.59.89

姓名

范文郎(Wen-Lang Fan) 查詢紙本館藏

畢業系所

物理學系

論文名稱

細菌基因體隨機性的統計分析
(Statistical analysis ofrandomness of bacterial genomes)

相關論文

★ 人類陰道滴蟲之Myb2蛋白質動態性質研究	★ 分析原核生物基因體複製起點與終點的反向對偶對稱現象
★ 分析基因體拷貝數變異所使用的兩種方法比較：隱藏馬可夫模型與成對高斯合併法	★ 使用兩種方法偵測基因體拷貝數變異：成對高斯合併法與隱藏馬可夫模型
★ 以整體晶片數據為母體應用於分析基因差異表達的z檢定方法	★ GSLHC －運用基因組及層次類聚以生物功能群將有生物活性的複合物定性的方法
★ 一個檢定測量微晶片基因表達數據靈敏度的全統計計算法	★ 運用嶄新抗體固著策略發展及驗證新式抗體微晶片平台
★ Drug-resistant colon cancer cells produce high carcinoembryonic antigen and might not be cancer-initiating cells	★ 創傷性關節炎軟骨之退化進程－大鼠模型基因體圖譜研究
★ 基因體功能統合分析在阿茲海默症和大腦老化－近年阿茲海默症研發藥物失敗的理論問題探討	★ 以Z曲線分析法探索人類基因體之辨識
★ 以個人電腦叢集平行運算模擬蛋白質結構	★ 各類演算法對DNA序列的辨讀與ORF之搜尋
★ DNA序列的不同相位上辨識與搜尋基因	★ 人類病源體中的攝取訊號序列分析

檔案

[Endnote RIS 格式]

[Bibtex 格式]

[相關文章]

[文章引用]

[完整記錄]

[館藏目錄]

[檢視]

[下載]

本電子論文使用權限為同意立即開放。
已達開放權限電子全文僅授權使用者為學術研究之目的，進行個人非營利性質之檢索、閱讀、列印。
請遵守中華民國著作權法之相關規定，切勿任意重製、散佈、改作、轉貼、播送，以免觸法。

摘要(中)

生物體的遺傳與系統功能的資訊以特殊的編排方式儲存在DNA 列中，而人們很早就發現所有已定序完成的細菌全基因體中，字串出現頻率與隨機序列大不相同。隨機序列的字串應為隨機出現，故字串間隔自然呈指數分佈，實驗驗證亦然。細菌全基因體是高度不隨機的序列，經我們實驗證明，全基因體中幾乎所有字串間隔也都是指數分佈。這表示全基因體雖然非隨機序列，但她每一個字串卻幾乎都
是隨機無關聯的出現。這給了我們一個重要的全基因體形成的訊息。而謝-李為了要解釋全基因體字串出現頻率分佈的譜寬，提出了一種全基因體的生長模型，這種模型的主要機制，是基因體以最高度的隨機片段複製生成。在這種機制下生長的序列，其短字串在序列中幾乎是不關聯的隨機出現，所以可以預測它們的間隔呈指數分佈。這與細
菌全基因體中性質相同。

關鍵字(中)

★ 細菌基因體
★ 指數分佈
★ 基因成長
★ 字串間隔
★ 準複製體

關鍵字(英)

★ bacterial genomes
★ exponential distribution
★ quasireplicas
★ genome growth

論文目次

1 緒論
1.1 前言.................................1
1.2 DNA的簡介............................1
1.3 統計簡介.............................3
1.3.1 伯努力分佈.........................3
1.3.2 二項式分佈.........................4
1.3.3 波松分佈...........................5
1.3.4 指數分佈...........................5
1.4 生物研究資料的取得...................7
1.4.1 生物資料庫.........................8
2 動機與理論
2.1 動機.................................9
2.2 真實序列的字串間隔也似指數分佈.......10
2.3 計算方法.............................12
2.4 基因體的成長模型.....................17
3 數值分析...............................19
4結論....................................44

參考文獻

[1] Developing Bioinformatics Computer Skills/ Gyntbia Gibas, Per
Jambeck.
[2] Introduction to Molecular Biology/ Peter Paolella.?st ed.
[3] Benjamin Lewin. genes 7. OXFORD
[4] Watson J. D., Crick F. H. C. (1953). Molecular structure of Nucleic
Acids. Nature. 171: 737-738.
[5] Watson J. D., Crick F. H. C. (1953). Genetical Implications of the
structure of Deoxyribonucleic Acid. Nature. 171: 964-967.
[6] Enginneering statistics/ Douglas C. Montgomery, George C.
Runger, Norma Faris Hubele.?nd ed.
[7] http://www.google.com/
[8] http://www.ncbi.nlm.nih.gov/
[9] http://www.cbi.pku.edu.cn/wnet/home.html/
[11] Karlin S, Campbell AM & Mrazek J (1998). Comparative DNA
analysis across diverse genomes. Annu. Rev. Genet. 32: 185-225
[12] Karlin S, et al. (1995). Dinucleotide Relative Abundance Extremes:
A Genomic Signature. Trends in Genetics. 11: 283-290.
[13] Karlin S, et al. (1992). Statistical Analyses of Counts and Distributions
of Restriction Sites in DNA Sequences. Nucl. Acids Res. 20:
1363-1370.
[14] Colbert T, et al. (1998). Genomics, Chi Sites and Codons: ?slands
of Preferred DNA Pairing?Are Oceans of ORFs. Trends in Genetics
14 485-488.
[15] Smith HO, et al. (1995). Frequency and Distribution of DNA Uptake
Signal Sequences in the Haemophilus in Fluenzae Rd genome.
Science 269: 538-540.
[16] Karlin SJ, et al. (1996). Frequent Oligonucleotides and Peptides of
the Haemophilus in Fluenzae Genome. Nucl. Acid Res. 24: 4263-
4272.
[17] Smith HO, et al. (1999). DNA Uptake Signal Sequence in Naturally
Transformable Bacteria, Res. Microbiol. 150: 603-616.
[18] Hao BL, Lee HC and Zhang SY, et al. Fractal related to long NDA
sequences and complete genomes. Chaos, Solitons and Fractals 11:
825-836
[19] Xie HM and Hao BL. (2003). Visualization of K-tuple distribution
in procaryote complete genomes and their randomized counterparts.
IEEE Proc. Comp. Sys. Bioinf. 31-42
[20] Hsieh LC, Lee HC (2002). Model for the growth of baterial genomes.
Mod. Phys. Lett. B 22: 821-827.
[21] Hsieh L. C.,et al. (2003). Minimal model for genome evolution and
growth. Phys. Rev. Lett. 90: 018101-018104.

指導教授

李弘謙(Hoong-Chien Lee)

審核日期

2004-7-7

推文