病毒檢測之屬探針設計

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姓名

蔡璁逸(Yi-Tsung Tsai) 查詢紙本館藏

畢業系所

資訊工程學系

論文名稱

病毒檢測之屬探針設計
(Genus-specific probes design for virus identification)

相關論文

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摘要(中)

病毒辨認在近年來成為越來越重要的一個議題。SARS在很多國家散佈而且造成了重大的傷亡，也讓全世界不敢忽視病毒的威脅性。一個能快速辨認病毒的系統能將損失降到最低並有效的控制它們。在我們設計的系統當中，我們能在合理的時間內，產生少數獨特或非獨特的探針來判斷病毒屬於分類之屬或種，並提供探針之相關資訊給予病理學家利用於微陣列晶片實驗當中。而且我們的系統提供了網頁的形式供全世界使用者使用。

摘要(英)

Virus identification becomes an important issue in recent years. The SARS spreads out in many countries and causes great death of humans. It lets all the people in this world don’t neglect the threat of virus. A knowledge-based system that can identify virus in a short time is needed. In the proposed system, we generate several unique or non-unique probes to identify viruses in a reasonable time. We identify the virus that belongs to which species or genus. The system provides related information about probes for virologists to use in microarray experiment. Our system provides a web interface for users to design genus probes online.

關鍵字(中)

★ 探針

關鍵字(英)

★ probes

論文目次

Chapter 1 Introduction 1
1.1 Background 1
1.2 Motivation 1
1.3 Goal 2
Chapter 2 Related Works 3
2.1 Microarray 3
2.2 Criteria for designing probes 3
2.3 Alignments 4
2.4 Optimal probe selection 6
Chapter 3 Materials 8
Chapter 4 Methods 10
4.1 Idea of identifying genus 10
4.2 System flow 11
4.3 Creating candidate probes 14
4.4 Generating genus-specific probes 20
4.5 Parameters optimization 24
Chapter 5 Results 30
5.1 The online system 30
5.2 Performance evaluation 33
Chapter 6 Discussions 34
References 35

參考文獻

Buechen-Osmond, C. and M. Dallwitz (1996). "Towards a universal virus database - progress in the ICTVdB." Arch Virol 141(2): 392-9.
Chang, P. C. and K. Peck (2003). "Design and assessment of a fast algorithm for identifying specific probes for human and mouse genes." Bioinformatics 19(11): 1311-7.
Chou, C. C., C. H. Chen, et al. (2004). "Optimization of probe length and the number of probes per gene for optimal microarray analysis of gene expression." Nucleic Acids Res 32(12): e99.
Kane, M. D., T. A. Jatkoe, et al. (2000). "Assessment of the sensitivity and specificity of oligonucleotide (50mer) microarrays." Nucleic Acids Res 28(22): 4552-7.
Klau, G. W., S. Rahmann, et al. (2004). "Optimal robust non-unique probe selection using Integer Linear Programming." Bioinformatics 20 Suppl 1: I186-I193.
Le Novere, N. (2001). "MELTING, computing the melting temperature of nucleic acid duplex." Bioinformatics 17(12): 1226-7.
Li, F. and G. D. Stormo (2001). "Selection of optimal DNA oligos for gene expression arrays." Bioinformatics 17(11): 1067-76.
Lin, F. M., H. D. Huang, et al. (2005). "A Database to Dynamically Aid Probe Design for Virus Identification."
Manber, U. and G. Myers (1991). "Suffix arrays: A new method for on-line string searches."
Onodera, K. and U. Melcher (2002). "VirOligo: a database of virus-specific oligonucleotides." Nucleic Acids Res 30(1): 203-4.
SantaLucia, J., Jr. (1998). "A unified view of polymer, dumbbell, and oligonucleotide DNA nearest-neighbor thermodynamics." Proc Natl Acad Sci U S A 95(4): 1460-5.
Setubal and Meidanis (1997). Introduction to Computional Molecular Biology.
Thompson, J. D., D. G. Higgins, et al. (1994). "CLUSTAL W: improving the sensitivity of progressive multiple sequence alignment through sequence weighting, position-specific gap penalties and weight matrix choice." Nucleic Acids Res 22(22): 4673-80.
Zheng, J., T. J. Close, et al. (2004). "Efficient selection of unique and popular oligos for large EST databases." Bioinformatics 20(13): 2101-12.

指導教授

洪炯宗(Jorng-Tzong Horng)

審核日期

2005-7-20

推文