生物體之重複序列找尋之演算法設計與實作

以作者查詢圖書館館藏

、以作者查詢臺灣博碩士

、以作者查詢全國書目

、勘誤回報

、線上人數：41

、訪客IP：18.191.223.123

姓名

林豐茂(Feng-Mao Lin) 查詢紙本館藏

畢業系所

資訊工程學系

論文名稱

生物體之重複序列找尋之演算法設計與實作
(A Computation of Repeats in Complete Genomes)

相關論文

★ 應用嵌入式系統於呼吸肌肉群訓練儀之系統開發	★ 勃起障礙與缺血性心臟病的雙向研究: 以台灣全人口基礎的世代研究
★ 基質輔助雷射脫附飛行時間式串聯質譜儀微生物抗藥性資料視覺化工具	★ 使用穿戴式裝置分析心律變異及偵測心律不整之應用程式
★ 建立一個自動化分析系統用來分析任何兩種疾病之間的關聯性透過世代研究設計以及使用承保抽樣歸人檔	★ 青光眼病患併發糖尿病,使用Metformin及Sulfonylurea治療得到中風之風險:以台灣人口為基礎的觀察性研究
★ 利用組成識別和序列及空間特性構成之預測系統來針對蛋白質交互作用上的特殊區段點位進行分析及預測辨識	★ 新聞語意特徵擷取流程設計與股價變化關聯性分析
★ 藥物與疾病關聯性自動化分析平台設計與實作	★ 建立財務報告自動分析系統進行股價預測
★ 建立一個分析疾病與癌症關聯性的自動化系統	★ 基於慣性感測器虛擬鍵盤之設計與實作
★ 一個醫療照護監測系統之實作	★ 應用手機開發手握球握力及相關資料之量測
★ 利用關聯分析全面性的搜索癌症關聯疾病	★ 全面性尋找類風濕性關節炎之關聯疾病

檔案

[Endnote RIS 格式]

[Bibtex 格式]

[相關文章]

[文章引用]

[完整記錄]

[館藏目錄]

[檢視]

[下載]

本電子論文使用權限為同意立即開放。
已達開放權限電子全文僅授權使用者為學術研究之目的，進行個人非營利性質之檢索、閱讀、列印。
請遵守中華民國著作權法之相關規定，切勿任意重製、散佈、改作、轉貼、播送，以免觸法。

摘要(中)

在基因序列內存在大量的重複序列，生物學家發現大量的調控機制坐落於重複的基因序列中，而且重複序列的分析與探索，可分析出染色體之結構，不僅如此，還可提供重要的線索給生物學家進行基因演化與物種演化之研究，我們已經研發出一套找尋完全相同重複序列的演算法，此演算法可找出單股(direct)及坐落於雙股(inverted)之重複序列。

摘要(英)

Repeat sequences are the most abundant sequences in extragenic region of genome. At present, biologists found that a large number of regulatory elements located here. They also may play an important role in the chromatin structure information in nucleus and contain important clues in genetic evolution and phylogeny study. This thesis develops an algorithm which allows to determine all exact repeat sequences contained in complete genomes. The algorithm can find both direct and inverted repeats. Our approach can find repeats whose length is longer than twenty bases and small repeats efficiently.

關鍵字(中)

★ 重複序列
★ 基因序列

關鍵字(英)

★ Repeat sequence
★ DNA sequence

論文目次

List of Figuresii
List of Tablesiii
Chapter 1 Introduction1
1.1 Motivation1
1.2 Problem Description1
1.3 Goal2
1.4 Organization of The Thesis2
Chapter 2 Related Work3
2.1 DNA Sequence3
2.2 DNA Repeat Sequence3
2.3 Searching Repeat Sequence4
2.4 PAT-tree and Suffix-tree Approach7
Chapter 3 Our Approach9
3.1 Searching Repeat Sequence9
3.2 Repeat Pattern Processing10
3.3 Repeat Sequence Processing11
3.4 Small Repeats Processing13
3.5 Purify Inverted repeats14
3.6 Flow of our Approach15
Chapter 4 Experimental Results23
4.1 Algorithm Verification23
4.2 Result Statistics24
4.3 Performance Analysis26
Chapter 5 Conclusions and Future Works28
References30
Appendix 131
Appendix 233
Appendix 334
Appendix 435

參考文獻

1] Dan Gusfield. Algorithm on Strigs, Trees and Sequences, Cambridge University Press, 1997
[2] Gary Benson. Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences. Nucleic Acids Research, Vol. 27, No. 2 573-580, 1999.
[3] J. Setubal and J. Meidanis. Introduction to Computational Molecular Biology. PWS PUBLISHING COMPANY, 1997
[4] S Kurtz and C Schleiermacher, REPuter: fast computation of maximal repeats in complete genomes. Bioinformatics, 1999 15: 426-427.
[5] Vladimir D. Gusev, Lubov A. Nemytikova and Nadia A. Chuzhanova. On the complexity measures of genetic sequences. Bioinformatics., 1999 15:965-973.
[6] William B. Frakes, Ricardo Baeza-Yates. Information Retrieval Data Structures & Algorithms. Prentice Hall, Englewood Cliffs, New Jersey 07632.

指導教授

洪炯宗(Jorng-Tzong Horng)

審核日期

2000-7-6

推文