DNA甲基化的數據分析以及演算預測;Data Analysis and Computational Prediction of DNA Methylation

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Title:	DNA甲基化的數據分析以及演算預測;Data Analysis and Computational Prediction of DNA Methylation
Authors:	王孫崇
Contributors:	生物資訊與系統生物研究所
Keywords:	單一核.酸多型性;表觀遺傳學;DNA 甲基化;微陣列晶片;亞硫酸氫鈉;序列模組;物理類
Date:	2008-07-01
Issue Date:	2010-12-28 15:35:00 (UTC+8)
Publisher:	行政院國家科學委員會
Abstract:	核.酸序列的變化，特別是單一核.酸多型性，是造成表現型多樣的重要因素之一。在人類的基因體中，迄今已經發現超過四百萬個位子上具有單一核.酸多型性。許多的研究，也投入於尋找引起疾病的單一核.酸多型性。與此同時，核.酸序列的化學狀態，例如胞嘧啶的甲基化與否，會影響此序列的表現。同等重要的發現是，核.酸序列上的這些化學修飾，是可遺傳的。這種不藉由核.酸序列的變異，而引起基因功能的遺傳改變的學科，稱為表觀遺傳學。高通量的基因表現，和DNA 甲基化的測量技術都已逐漸成熟。一起考慮這兩個遺傳因子的研究手段，可以提供研究者更多的資訊。例如，在實驗組和對照組間有表現差異的基因，如果也顯現甲基化狀態的差別，那麼這些基因是非常值得我們做進一步的探究。另一種DNA 甲基化的檢測，牽涉到核.酸序列的亞硫酸氫鈉處理。這種方法的結果比較精確可靠，但是其缺點是低通量，而且費用較昂貴。本計劃藉由單一核.酸多型性與DNA 甲基化的交互作用研究，來增進我們對於表現型遺傳的瞭解。特定地說，我們將發展一種度量，來敏銳的量化出亞硫酸氫鈉處理過的序列數據。我們也將發展一套演算法，來快速地找出DNA 甲基化的微陣列晶片序列中的單一核.酸多型性。另外，我們也將尋找與DNA 甲基化相關的序列模組。我們預計我們所發展出度量，會廣泛地被同業所採用。我們會架設一伺服器，來推廣我們所發展的快速演算法。我們的序列模組研究，也會讓我們進一步認識DNA 新甲基化的成因。研究期間：9608 ~ 9707
Relation:	財團法人國家實驗研究院科技政策研究與資訊中心
Appears in Collections:	[Institute of Systems Biology and Bioinformatics] Research Project

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